Wim Dijkstra studeerde orgel en kerkmuziek aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam bij Hans van Nieuwkoop en koordirectie aan het Rotterdams Conservatorium bij Barend Schuurman. Als organist van de Grote of Sint Nicolaaskerk te Monnickendam is hij de vaste bespeler van het monumentale Gerstenhauer-orgel (1780).

Wim Dijkstra heeft een uitgebreide concertpraktijk als solist, begeleider en continuo-speler. Zijn repertoire omvat werken uit alle periodes van de muziekgeschiedenis. Hij speelde bij tal van professionele ensembles en orkesten, waaronder het Balletorkest en het Nederlands Philharmonisch Orkest. 

Samen met dirigent Maria van Nieukerken startte hij in 2004 de concertserie Bach in Monnickendam. Tijdens de concerten worden cantates van Bach omlijst met instrumentale en vocale muziek uit de barok, maar ook uit andere stijlperiodes. Uitvoerenden zijn het professionele kamerkoor PA'dam en het Nicolaas Consort. Bijzondere aandacht is er voor de historische orgels van de Grote Kerk.

Wim Dijkstra maakte cd-opnames van het volledige Wohltemperierte Klavier van Bach op het Garrelsorgel (1742) van de Nicolaaskerk in Purmerend en het Müllerorgel (1734) van de Waalse Kerk in Amsterdam.

Als koordirigent is hij werkzaam in Leiden en Onderdijk. Naast a cappella-repertoire voerde hij vele klassieke werken met begeleiding van verschillende ensembles en orkest uit, waaronder Bachs Johannespassion, Mozarts Requiem, Haydns Stabat Mater en Nelsonmis en oratoriums van Handel en Mendelssohn.

Wim Dijkstra heeft een bijzondere liefde voor opera. In 2010 stond hij aan de wieg van het Leidse operagezelschap Opera Festa. Hij dirigeerde opera's van Gluck, Mozart, Donizetti, Bellini, Verdi, Bizet en Mascagni, onder meer in de Lichtfabriek en de Stadsschouwburg in Haarlem en in de Pieterskerk, de Leidse Schouwburg en de Stadsgehoorzaal in Leiden. In 2019 dirigeerde hij La Vestale van Gaspare Spontini in het Rijksmuseum van Oudheden in Leiden.