​Wim Dijkstra studeerde orgel en kerkmuziek aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam bij Hans van Nieuwkoop en koordirectie aan het Rotterdams Conservatorium bij Barend Schuurman. Als organist van de Grote of Sint Nicolaaskerk te Monnickendam is hij de vaste bespeler van het monumentale Gerstenhauer-orgel (1780).

Wim Dijkstra heeft een uitgebreide concertpraktijk als solist en begeleider. Zijn repertoire omvat werken uit alle periodes van de muziekgeschiedenis. Hij speelde bij tal van professionele ensembles en orkesten, waaronder het Balletorkest en het Nederlands Philharmonisch Orkest. 

Samen met dirigent Maria van Nieukerken startte hij in 2004 de concertserie Bach in Monnickendam. De serie bestaat uit een vijftal concerten per jaar waarin cantates van Bach en andere instrumentale en vocale barokmuziek uitgevoerd worden. Uitvoerenden zijn het professionele kamerkoor PA'dam en het Nicolaas Consort. Tijdens de concerten is er bijzondere aandacht voor het historische orgels van de Grote Kerk.

Wim Dijkstra maakte cd-opnames van het volledige Wohltemperierte Klavier van Bach op het Garrelsorgel (1742) van de Nicolaaskerk in Purmerend en het Müllerorgel (1734) van de Waalse Kerk in Amsterdam.

Als koordirigent is hij werkzaam in Leiden en Onderdijk. Hij voerde tal van klassieke werken uit, waaronder Bachs Johannespassion, Mozarts Requiem, Haydns Stabat Mater en oratoriums van Handel en Mendelssohn.

Wim Dijkstra heeft een bijzondere liefde voor opera. In 2010 stond hij aan de wieg van het Leidse operagezelschap Opera Festa. Hij dirigeerde opera's van Gluck, Mozart, Donizetti, Bellini, Verdi, Bizet en Mascagni, onder meer in de Lichtfabriek en de Stadsschouwburg in Haarlem en in de Pieterskerk, de Leidse Schouwburg en de Stadsgehoorzaal in Leiden.