Wim Dijkstra studeerde orgel en kerkmuziek aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam bij Hans van Nieuwkoop en koordirectie aan het Rotterdams Conservatorium bij Barend Schuurman. Als organist van de Grote of Sint Nicolaaskerk te Monnickendam is hij de vaste bespeler van het monumentale Gerstenhauer-orgel (1780).

Wim Dijkstra heeft een uitgebreide concertpraktijk als solist, begeleider en continuo-speler. Zijn repertoire omvat werken uit alle periodes van de muziekgeschiedenis. Hij speelde bij tal van professionele ensembles en orkesten. 

Samen met dirigent Maria van Nieukerken organiseerde hij van 2004 tot 2024 de concertserie Bach in Monnickendam. Tijdens de concerten werden cantates van Bach omlijst met instrumentale en vocale muziek uit de barok, maar ook uit andere stijlperiodes. Uitvoerenden waren het professionele kamerkoor PA'dam en het Nicolaas Consort.

Wim Dijkstra maakte cd-opnames van het volledige Wohltemperierte Klavier van Bach op het Garrelsorgel (1742) van de Nicolaaskerk in Purmerend en het Müllerorgel (1734) van de Waalse Kerk in Amsterdam.

Als koordirigent is hij werkzaam in Leiden en Onderdijk. Naast a cappella-repertoire voerde hij vele klassieke werken met begeleiding van verschillende ensembles en orkest uit, waaronder Bachs Johannespassion, Mozarts Requiem, Haydns Stabat Mater en Nelsonmis en oratoriums van Handel en Mendelssohn.

Wim Dijkstra heeft een bijzondere liefde voor opera. Hij werkte als organist en pianist mee aan vele producties van World Opera Lab met regisseur Miranda Lakerveld. In 2010 stond hij aan de wieg van het Leidse operagezelschap Opera Festa. Hij dirigeerde opera's van Gluck, Mozart, Donizetti, Bellini, Spontini, Verdi, Bizet en Mascagni, onder meer in de Lichtfabriek en de Stadsschouwburg in Haarlem en in de Pieterskerk, de Leidse Schouwburg en de Stadsgehoorzaal in Leiden. In 2023 zal hij Macbeth van Giuseppe Verdi dirigeren in de Marekerk in Leiden, in een regie van Isabel Schröder.