Wim Dijkstra studeerde orgel en kerkmuziek aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam bij Hans van Nieuwkoop en koordirectie aan het Rotterdams Conservatorium bij Barend Schuurman. Vanaf november 2024 is hij organist van de Evangelisch Lutherse Gemeente Amsterdam en daarmee de bespeler van de orgels van de Oude Lutherse Kerk (Witte, 1885) en de Ronde Lutherse Kerk (Bätz, 1830)..

Wim Dijkstra heeft een uitgebreide concertpraktijk als solist, begeleider en continuo-speler. Zijn repertoire omvat werken uit alle periodes van de muziekgeschiedenis. Hij speelde bij tal van professionele ensembles en orkesten. 

Samen met dirigent Maria van Nieukerken organiseerde hij van 2004 tot 2024 de concertserie Bach in Monnickendam. Tijdens de concerten werden cantates van Bach omlijst met instrumentale en vocale muziek uit de barok, maar ook uit andere stijlperiodes. De serie heeft in 2024 een vervolg gekregen in de Waalse Kerk in Amsterdam onder de noemer Bach op Vrijdag.

Wim Dijkstra is oprichter en muzikaal leider van het Nicolaas Consort. Het ensemble treedt op in wisselende bezettingen en is samengesteld uit musici die afkomstig zijn uit verschillende professionele orkesten en ensembles. Bij de concertserie Bach op Vrijdag is het Nicolaas Consort het vaste orkest. Eerder speelde het ensemble onder meer bij Opera festa, Haarlem Voices en alle concerten van Bach in Monnickendam.

Wim Dijkstra maakte cd-opnames van het volledige Wohltemperierte Klavier van Bach op het Garrelsorgel (1742) van de Nicolaaskerk in Purmerend en het Müllerorgel (1734) van de Waalse Kerk in Amsterdam.

Als koordirigent is hij werkzaam in Leiden en Onderdijk. Naast a cappella-repertoire voerde hij vele klassieke werken met begeleiding van verschillende ensembles en orkest uit, waaronder Bachs Johannespassion, Mozarts Requiem, Haydns Stabat Mater en Nelsonmis en oratoriums van Handel en Mendelssohn.

Wim Dijkstra heeft een bijzondere liefde voor opera. Hij werkte als organist en pianist mee aan vele producties van World Opera Lab met regisseur Miranda Lakerveld. In 2010 stond hij aan de wieg van het Leidse operagezelschap Opera Festa. Hij dirigeerde opera's van Gluck, Mozart, Donizetti, Bellini, Spontini, Verdi, Bizet en Mascagni, onder meer in de Lichtfabriek en de Stadsschouwburg in Haarlem (met Haarlems KoorLokaal) en in de Pieterskerk, de Leidse Schouwburg en de Stadsgehoorzaal in Leiden. In 2024 dirigeerde hij Macbeth van Giuseppe Verdi in de Marekerk in Leiden, in een regie van Isabel Schröder.